Enseignements - Spécialité Ecophysiologie Ecotoxicologie (EPET)

[M2S1, 6 ECTS]

Responsable

Raphael.lami@upmc.fr

Objectifs et contenus

L’étude de la physiologie de modèles de microorganismes procaryotes et eucaryotes peut répondre à différents objectifs : biotechnologique, écologique, écotoxicologique, médicale … Afin d’aborder la physiologie de ces microorganismes de manière intégrative, de nombreux outils de la génomique fonctionnelle sont aujourd’hui disponibles. Après avoir exposé les différents intérêts d’étudier des modèles microbiens, nous présenterons les techniques de transformation, inactivation de gènes, suivi de l’expression de gènes en continu ainsi que les approches de transcriptomiques et de protéomiques. Ces techniques seront illustrées par différentes études à visée biotechnologiques (e.g., production de protéines recombinantes), écophysiologique (e.g., réponse à la lumière) ou de bioremédiation (e.g. dégradation des hydrocarbures). En deuxième partie de cette UE, nous aborderons les mécanismes de la communication cellulaire et les voies de signalisation chez les microorganismes qui sont au cœur de nombreuses problématiques de recherche en biologie cellulaire et dans les sciences de l'environnement et possède de nombreux prolongements biotechnologiques : régulation des fonctions physiologiques, régulation des populations de microorganismes eucaryotes et procaryotes dans l'environnement et dans les biofilms. Cette UE s’accompagne de différents travaux pratiques au cours desquels les étudiants seront familiarisés aux principales approches de génomique fonctionnelle en utilisant différents modèles microbiens (e.g., Ostreococcus tauri, Photobacterium angustum, Marinobacter hydrocarbonoclasticus).

Enseignements

Cours magistraux : 20 h ; TD : 10 h ; TP : 30h

Validation

Examen écrit (50 %) / Examen oral (25 %) / Compte-rendu de TP (25 %)