Enseignements - Spécialité Ecophysiologie Ecotoxicologie (EPET)

[M1S2, 9 ECTS]

Code UE

en création

Responsables

Francois.lallier@upmc.fr

Anne.Guivarch@upmc.fr

Objectifs et contenus

Cet enseignement a pour ambition de donner aux étudiants une connaissance théorique et pratique des différentes approches méthodologiques les plus couramment utilisées en écophysiologie. En pratique, une première semaine sur Jussieu, avec l’ensemble des étudiants, introduira les fondamentaux de toutes de ces méthodes et leurs intérêts respectifs dans le cadre de recherches en écophysiologie. Deux séances de TD de 4 heures seront consacrées à la pratique des recherches bibliographiques (grandes bases de données, gestion personnelle des références bibliographiques). Une recherche bibliographique sur les dernières avancées d’une technique précise sera demandée aux étudiants, par binôme, et fera l’objet d’une présentation orale en fin d’UE. Les deux semaines suivantes seront consacrées à des travaux pratiques et dirigés, chacun centrés sur quelques techniques.

•Marquage et Imagerie Cellulaires (L. Besseau – Banyuls). L’objectif de cet atelier est de familiariser aux techniques d’imagerie, de la préparation des échantillons aux techniques d’analyses (microscopie optique, à fluorescence, électronique à transmission ou balayage, confocale, biphotonique, cytométrie de flux…) et de traitement des images. Accès aux équipements et application à des organismes marins.

•Projets Omics Modèles Marins (A.Tanguy, J. Mary – Roscoff). Cet atelier sera consacré aux méthodes haut-débit avec extraction, purification et analyse des acides nucléiques (génome et transcriptome), des protéines (protéome) et des métabolites principaux (métabolome, lipidome). L’application se fera sur des organismes marins et les étudiants auront accès aux équipements de l’Institut de Génomique Marine de la Station Biologique de Roscoff.

•Plantes et facteurs abiotiques (A Guivarch, C. Cabassa – Jussieu). Cet atelier a pour but d’appréhender des techniques d’études d’adaptation des plantes à des variations d’un facteur abiotique et fait appel à des techniques d’expression génique (RT-qPCR) et des outils de bioinformatique et d’imagerie fonctionnelle (marqueurs fluorescents).

•Monitoring microbiologique environnemental (M. Suzuki – Banyuls). Cet atelier vise à appréhender les techniques d’études et de suivis des micro-organismes (cytométrie, bioreporters, culture cellulaire, …) en fonction des facteurs abiotiques ou biotiques (pathogènes, contaminants) présents dans l’environnement marin.

Enseignements

Cours magistraux : 30 h ; TD : 20 h ; TP : 40 h

Validation

Examen écrit (60 %) / Examen oral (20 %) / Compte-rendu de TP (50 %)